危机大挑战龙卷。小学生元春和纱织偶然与年轻的气象学家阵内相识，并利用阵内的高科技设备认识了龙卷风。在一次探索龙卷风的旅程中，三人竟然遇上了真的龙卷风!这次的经历也勾起了阵内对一段悲伤往事的回忆。但不久后，世界上最大级别的F5级龙卷风袭来。阵内一行人为了救助被困的幼儿园校车，不顾危险开车冲向超级龙卷风!这一次，他们有办法化解这迫在眉睫的危机吗?