很久以前，贝利亚奥特曼制作了恶魔碎片，用来唤醒怪兽。为了对付贝利亚奥特曼，光之国制造了奥特勋章。没想到，奥特勋章被凶暴宇宙鲛盖内伽古偷走了。盖内伽古带着奥特勋章逃到了地球，泽塔奥特曼为了追击它也来到了地球，遇到了正驾驶特空机作战的军械库成员夏川遥辉。夏川遥辉利用泽塔升华器变身为泽塔奥特曼，最终将盖内伽古击败。但盖内伽古体内的奥特勋章散落到各处。与此同时，宇宙寄生生物赛雷布洛也来到地球，寄生在怪兽研究中心成员镝木慎也体内。泽塔奥特曼和夏川遥辉合为一体，寻找奥特勋章的同时，与被镝木慎也唤醒的怪兽展开战斗，保卫地球。