主人公玛莉虽然与父母生活在一起，但并未享受过来自父母的亲情；土著仆人对她的百依百顺，使她变得任性又乖戾。一场霍乱使她一夜之间成了孤儿，她被送回英国的亲戚家抚养。在亲戚家，她无意中发现了一个被废弃了的秘密花园，她与小伙伴迪肯、科林一起，在花园里种植各种花草，与动物们成了好朋友。他们在成长中各自改掉了自己的坏毛病，他们把这一切都归功于大自然的魔法。