一场可怕的霍乱使生活优越、相貌难看、脾气暴躁的玛丽成了一名孤儿，她被送到了英国的舅舅家。舅舅有一个庄园，庄园里有一个秘密花园。但花园没有门，钥匙也被埋了起来。玛丽对此非常好奇，决心解开花园的秘密。在知更鸟的帮助下，玛丽成功地进入了花园。花园的美丽让她下定决心打理花园，使它恢复生机，充满爱心的小男孩狄肯也前来帮忙，那个夜晚哭泣的少爷柯林也加入了他们。常去秘密花园并接触大自然，玛丽变得健康又开朗，人也变漂亮了。与此同时，柯林的病也好了，舅舅也变得乐观起来。