《秘密花园》的小主人公玛丽虽然自小与父母一起生活在印度，但并未享受过来自父母的亲情；土著仆人的百依百顺，使她变得乖戾而别扭。一场霍乱让她一夜之间变成了孤儿，被送回英国的姑父家寄养。在亲戚家的大庄园里，玛丽在知更鸟的引领下，发现了一座废弃已久的秘密花园，并情不自禁地爱上了这座花园。她与小伙伴迪肯、柯林一起在花园里莳花弄草，并与狐狸、乌鸦、松鼠、羊羔和小马为伴，在这座花园逐渐恢复生机的同时，玛丽和柯林也改掉了自身的坏毛病，玛丽变成了漂亮的小姑娘，柯林也成长为健壮的小伙子。他们把这一切的一切，都归功于大自然的魔法。