火山爆发，X探险特工队一行人身处的小岛开始沉没，众人“乘坐”经过博士改造的基地离开，不料路途中引擎故障，石头潜入水中维修，却不幸被漩涡卷走了。眼见情况危急，博士阻止了小宇和小尚的抢救行动，没想到，担心同伴的两人趁着入夜后偷偷开走小潜艇，瞒着博士去寻找石头……究竟，他们俩会在神秘莫测的深海里遇到什么生物？被漩涡卷走的石头又会有什么奇遇呢？