“咱俩差不多，”园丁老头本•韦瑟斯达夫对玛丽说，“长得丑，脾气也不好。”

可怜的小女孩玛丽，谁都不要她，都不喜欢她。父母去世后，她就被人从印度送回了英国的约克郡，住在她姨夫的家里。那是一幢旧房子，很大，差不多有上百个房间，可大部分都关得严严实实，还上了锁。玛丽住在那儿，情绪很坏， 她感到厌烦、孤独，只有园丁老头偶尔跟她说说话。

来了一只知更鸟，玛丽望着它飞过了围墙，飞进了一个园子，她听说这个花园已经荒废了十年，门的钥匙也不知哪儿去了。玛丽认识了两个小伙伴：农家小子迪康，他的脸红扑扑的，说话又快又溜；夜里总有奇怪的哭声，那是小少爷科林，他从生下来就病病殃殃，三天两头看医生……玛丽和伙伴们都充满了好奇，他们想知道园子里有什么，竟偶然找到了钥匙，打开了花园的门。此后他们一直辛勤劳动着，沉睡了十年的秘密花园苏醒了，这几个孩子瞒着所有大人，在花园里悄悄酝酿了一个秘密，等待着科林的父亲回家……