故事发生在1866年，法国人阿罗纳克斯，一位生物学家，应邀赴美参加一项科学考察活动。这时，海上出了个“怪物”，在全世界闹得沸沸扬扬。科考活动结束之后，生物学家正准备返回法国，却接到美国海军部的邀请，于是他登上了一艘驱逐舰，参与“把那个怪物从海洋中清除出去”的活动。经过千辛万苦，“怪物”未被清除，驱逐舰上来的一名捕鲸手，都成了“怪物”俘虏！结果发现“怪物”是一艘尚不为世人所知的潜水艇-“鹦鹉螺”号