不小心闯入另一个平行世界的少年哆哆，来到了充满挑战和冒险的数学岛。在寻找回到原来世界的方法时，哆哆遇到了声名赫赫的“数学神偷”——阿鲁鲁和修米，并和他们成为了很要好的朋友。阿鲁鲁误偷了撒比特拉玛将军的水晶骷髅头骨，头骨却又落入了骷髅教教主扎昆这个黑魔法师的手里。为了夺回水晶骷髅头骨，并且阻止扎昆想要毁灭地球的邪恶行为，哆哆、阿鲁鲁义无反顾地开始了一场正义之战。