本书讲的是神奇树屋又出现了，但这一次摩根却被施了魔法，不在树屋里面！杰克和安妮身负重任，为了破除咒语、解救摩根，神奇树屋带着两兄妹来到古代的日本。隐居在洞穴里的忍者大师，教他们学习忍者的方法，眼看着日本武士就要追上了……，这两个小小忍者用自己的机智和勇敢最终躲开武士的追踪，顺利达成任务。