《魔棋大战（谜题版）/校园三剑客》讲述了在一次举世瞩目的人机大战中，象棋棋王柳云龙被机器人“独孤求败”打败。后来，棋王心灰意冷，来到绿市中学，成了“校园三剑客”的老师。与此同时，世界上发生了许多不可思议的事情，各地的网络被黑客恶意攻击，造成多起火车相撞事件。
　　“校园三剑客”着手调查，发现所有证据都指向制造“独孤求败”的哈迪逊博士。然而，当他们找到哈迪逊博士时，却发现博士已经遇害。“校园三剑客”的调查陷入了重重阻碍，先是被人追杀，然后遭人诬陷，接着被抓进警局……
　　最后，一系列事件的幕后推手渐渐浮出水面，它竟然就是机器人“独孤求败”！它为什么要杀害哈迪逊博士？为什么处处与“校园三剑客”作对？它到处寻找棋王柳云龙，又有什么不可告人的秘密？