红针花无意中惊醒了沉睡在冰块里的农神龙阿飞，得知了恐龙会魔法的秘密。阿飞惊闻地球已经度过数亿年的时光，恐龙也早已灭绝，于是他迫不及待地前往魔法秘境探究情况。没想到，此时的魔法秘境也已不复从前，邪恶的黑魔法统治着一切，黑魔物横行，四大长老被囚禁。为了解救魔法秘境，消灭黑魔法，阿飞在红针花、豌豆射手的帮助下，努力修炼风、火、土、木四种魔法，与神秘的黑暗法师在光明殿展开决战。