玛丽是一个自私、专横的英国小姑娘，当父母不幸病逝后，她被送到舅舅克兰文家里居住。在那里，她无意中获得秘密花园的钥匙，又在知更鸟的指引下找到隐藏的小门，并和佃户的儿子——聪明能干的迪肯一起在花园里栽种花草。后来，庄园主的儿子柯林也参加进来，他是个多病、瘦弱、脾气暴躁的小男孩。在这个美丽的花园里，玛丽和柯林改掉了所有让人讨厌的坏毛病，成长为漂亮的姑娘和健壮的小伙。