花森小学的六年级学生前往校外旅行目的地--京都。这座古老的城市有“魔都”之称,传说是因为发生过许多神秘事件。科学侦探谜野真实和同班同学宫下健太,还有以“挖掘新闻,揭发真相”为使命的新闻社社长青井美希,他们三人能否运用科学原理,找出隐藏在谜团背后的秘密?